רבים שואלים כיצד יש לכתוב – בקי או בקיא? נקדים ונאמר ששני הכתיבים נכונים.
המילה בָּקִי מתועדת לראשונה בספרות חז"ל. למשל במשנה במסכת עירובין (ד, ח) מדובר על מי שאינו בקי בהלכה, וכך כתובה המילה (בלי אל"ף) בכל כתבי היד ובדפוסים. גם בצורת הרבים מצוי בכתבי היד של המשנה הכתיב בלי אל"ף: בקי – בקיים כמו נָקִי – נְקִיִּים. לצד כתיב זה מצוי גם הכתיב באל"ף: בקיאים.
את החילופים בין בקיים לבקיאים אפשר להסביר כחילופי יו"ד ואל"ף בין תנועות i או כתוספת הגה מעבר בין תנועות – בדומה לאל"ף בצורות צְבָאִים (הרבים של צְבִי), טְלָאִים (הרבים של טָלֶה). כתיבים כאלה אפשר למצוא במגילות קומראן, המגילות שנמצאו בגדה הצפונית-מערבית של ים המלח, ובהן כתיבים המיוחדים לסופרי הכת שישבו שם. כך למשל לצד הכתיב המקראי גוים (= גוֹיִם, צורת הרבים של גוי) רגיל שם הכתיב גואים. הכתיב בקיאים יכול להוליד את הכתיב באל"ף גם בצורת היחיד, ואמנם הכתיב בקיא – לצד בקי – מצוי בתלמוד הבבלי. עוד נוסיף כי במקרא המילה נָקִי כתובה גם פעמיים באל"ף נקיא (יואל ד, יט; יונה א, יד). כתיב נדיר זה נעשה רגיל במגילות קומראן.
אף שנראה שהכתיבים בלי אל"ף קודמים לכתיבים באל"ף, אפשר גם לראות את הדברים בצורה אחרת, כלומר לראות בכתיב בקי קיצור של בקיא. וכל כך למה? בספרות חז"ל אנו מוצאים כמה וכמה מקרים שבמקום המילה בקיאים (או בקיאין) משמשת המילה פקיעין, למשל בתוספתא נשאלת השאלה אם אכילת מצה של כותיים [= שומרונים] בפסח מותרת ואדם מישראל יוצא בה ידי חובת אכילת מצה. ר' לעזר [= אלעזר] אוסר זאת "לפי שאין [הכותיים] פקיעין בדקדוקי מצה". לעומתו רבן שמעון בן גמליאל סבור כי "כל מצוה שהחזיקו בה כותים הרבה מדקדקין בה יותר מישראל" (תוספתא פסחים ב, ג). הגרסה פקיעין מוכרת גם מן התלמוד הבבלי, אבל יש שמצוי גם הכתיב בקיעין (תלמוד ירושלמי גטין מג, ב). את המעבר מפקיעין לבקיעין ומבקיעין לבקיאין אפשר לבאר בקלות, מה שכאמור מחזק את ההשערה שהכתיב באל"ף – גלגול של עי"ן – הוא כתיב ותיק יותר. דבר דומה מצאנו במילה בָּרִיא במובן 'ודאי', היכולה גם להיכתב בָּרִי, כבמאמר הידוע "ברי ושמא – ברי עדיף", כלומר הוודאי עדיף מהספק (למשל בבלי כתובות יב ע"ב). בכתבי יד שונים של הבבלי גם נוכל למצוא מימרה זו כתובה באל"ף: "בריא ושמא – בריא עדיף".
הפועל פָּקַע מוכר מלשון חכמים; בָּקַע – כבר במקרא, ואחד ממובניו – חדירה או פריצת דרך. מובן זה של חדירה לעומק הדבר התגלגל למשמעות של בחינה וחקירה, הידועה בשורש בק"י מן הארמית, ומכאן למשמעות של מומחה בדבר. גם מן הארמית מוכרים למילה בקי החילופים בין פקיע, בקיע ובקי, ובהחלט ייתכן שבקי נשאל לעברית מן הארמית. על הקשר שבין בקי לבקיע כבר עמד רמב"ן בסיפה של דבריו על שמות יב, מג – בהדגימו מילים שהושמטה מהן העי"ן.
כך או כך כאמור שני הכתיבים – באל"ף ובלעדיה – טובים לשמש גם בימינו.